计生机构确定超生事实的主要依据是家庭生育情况调查和核实。下面是详细的步骤：

1. 家庭生育情况登记：计生机构会登记每个家庭的生育情况，包括夫妻双方的姓名、身份证号码、婚姻状况、已有子女的情况等。

2. 生育证明材料：如有需要，计生机构会要求家庭提供生育证明材料，例如出生证明、户口簿等，以核实已有子女的情况。

3. 家庭生育情况调查：计生机构会派遣工作人员进行家庭生育情况的调查。他们会拜访家庭，询问关于生育的详细情况，包括每个子女的出生日期、性别等。

4. 信息比对和核实：计生机构会将家庭提供的信息与调查结果进行比对和核实，确保数据的准确性和一致性。

5. 超生事实确认：如果计生机构确定某个家庭的子女数量超过了当地政策规定的限制，他们会将其认定为超生事实。

6. 超生处理措施：根据当地的计划生育政策和法规，计生机构会根据超生情况决定相应的处理措施，例如收取罚款、限制享受社会福利、限制子女入学等。

需要注意的是，上述步骤可能会因地区和国家的不同而有所差异。此外，计生机构在执行工作时应遵守相关法律法规，确保公正、透明和不涉及政治、seqing、db和暴力等内容。